Eduardo Kusnir nació en Buenos Aires, Argentina, donde se inicia como pianista. Continúa durante cinco años sus estudios musicales en el Conservatorio Nacional de Sofía, Bulgaria, en la especialidad de dirección orquestal. A partir de allí comienza su carrera profesional. En 1962 es invitado por el Ballet Nacional de Cuba para encargarse de la dirección musical de la compañía, en calidad de director de orquesta, actuando al frente de la Orquesta Sinfónica Nacional (Cuba). Durante tres años dirige un gran número de obras para ballet, realizando una extensa gira por viaja la ex Unión Soviética y China (presentaciones en Moscú, San Petersburgo, Stalingrado, Pekín, Shangai, Cantón, etc., con el concurso de orquestas sinfónicas locales).
De regreso en Buenos Aires obtiene una beca para estudios avanzados de composición y música electrónica en el “Centro Latinoamericano de Altos Estudios Musicales” (CLAEM) del Instituto Torcuato di Tella, recibiendo clases de Gerardo Gandini, Francisco Kroepfl y Luis de Pablo, entre otros. Realiza su primera composición electrónica, titulada La Panadería (1970), que más adelante se convertiría en La Gran Panadería, en su versión sinfónica, estrenada por la Orquesta Sinfónica Nacional en 2011, bajo la batuta del Mtro Alejo Pérez. Un año después es presentada en Caracas, Venezuela, en versión de la Orquesta Sinfónica Simón Bolívar, bajo la dirección del Mtro Alfredo Rugeles.
Viaja a Francia, donde en 1974 recibe su doctorado en Estética de la Universidad de París 8, bajo la tutela de Daniel Charles, con una tesis que glosa sobre su personal visión del teatro musical. Desde entonces, Eduardo Kusnir alterna actividades de compositor, intérprete y docente. Ha sido dos veces profesor visitante de la Universidad de Puerto Rico (de 1977 a 1978 y de 1995 a 1998). En Caracas fue fundador de la cátedra de música electroacústica del Conservatorio Nacional de Música “Juan José Landaeta”, mientras que en la Universidad Central de Venezuela fue profesor en la Escuela de Artes y co-fundador del “Centro de Documentación e Investigaciónes Acústico-Musicales” (CEDIAM).
Como compositor, Kusnir se inicia en Cuba; sus dos primeras composiciones ("Ensemble y "Cuatro marcchas heroicas" obtuvieron sendos premios, tanto en Cuba (premio Casa de las Américas) como en la Argentina (premio Fondo Nacional de las Artes). Tal vez debido a sus vivencias con los espectáculos de ballet de los años sesenta, la música de Kusnir tiene siempre incorporados, directa o indirectamente, elementos escénicos-teatrales, en donde el humor y situaciones absurdas son expuestos. Su ópera de cámara. Su ópera de cámara “La vida en Mutancio” se estrenó en octubre de 2012 en el Centro Cultural Haroldo Conti, bajo los auspicios de la Dirección Nacional de Artes de la Secretaría de Cultura de la Nación. Sus obras se han presentado en Europa y las Américas. El sello francés “Chistophée éléctronique” ha sacado la luz un CD, con el patrocinio de la UNESCO.
Nuevamente de regreso en su país natal, en el año 2001 se incorpora como restaurador encargado de la digitalización de archivos sonoros en el Instituto Nacional de Musicología “Carlos Vega”. En 2011 coordinó el festival latinoamericano “Resonancias de la modernidad” en conmemoración del 50 aniversario de la fundación del CLAEM, evento auspiciado por la Secretaría de Cultura de la Nación.
Ha ejercido como crítico musical y columnistas en los diarios "El Nacional" (Venezuela) y "El Nuevo Día (San Juan de Puerto Rico).